Dentro do Programa Operativo de Galicia 2007-2013 a Confederación Hidrográfica do Miño-Sil ten outorgadas axudas do FEDER para actuacións do eixe 3 (Medio ambiente, ámbito natural recursos hídricos e prevención de riscos) nas categorías de gasto 46 [Tratamento da auga (auga residual)] e 51 [Fomento da protección da biodiversidade e a natureza (incluído o programa Natura 2000)]. As actuacións cofinanciadas por este Fondo e que están encomendadas á Confederación Hidrográfica do Miño-Sil son as seguintes:

• Proxecto do colector de saneamento no peirao Fernández Ladreda da Malata. (Ferrol)
• Emisario Submarino de Cabo Prioriño. Depuración e vertedura de Ferrol (A Coruña)
• Mellora do saneamento e EDAR de San Cibrao dás Viñas (Ourense)
• Mellora do saneamento de Pereiro de Aguiar (Ourense)
• Ampliación da EDAR do Barco de Valdeorras (Ourense)
• Mellora da capacidade de eliminación de nutrientes na EDAR de Xinzo de Limia (Ourense)
• Proxecto de actuacións prioritarias no saneamento de Porriño (Pontevedra)
• Nova EDAR de Pontebarxas, T.M. de Padrenda (Ourense)
• Adecuación da canle e ordenación de marxes dos ríos Sarria e Celeiro no T.M. de Sarria (1ª Fase)
• Acondicionamento da canle e marxes do río Cabe ao seu paso por Monforte de Lemos (Lugo). Tramo: A Compañia - Núcleo de Piñeira
• Mellora ambiental das marxes do regueiro do polígono industrial de San Cibrao dás Viñas (Ourense)
• Acondicionamento, accesos e uso público das fervenzas de Tourón, no río Cerves. TM de Melón
• Restauración ambiental e mellora da drenaxe no río Canedo, T.M. de Ponteareas (Pontevedra)
• Acondicionamento da canle e marxes do río Badella ao seu paso por Bande (Ourense)
• Mellora da calidade das augas e recuperación ambiental do ámbito do encoro Das conchas. TT.MM. de Bande e Muiños (Ourense)
• Protección de marxes contra a erosión no río Louro. T.M. do Porriño (Pontevedra)
• Acondicionamento de marxes no regueiro Aboal. T.M. de Mondaríz (Pontevedra)
• Ordenación da canle e marxes do río Louro ao seu paso por Mos (Pontevedra)
• Actuacións de mellora do Dominio Público Hidráulico e a capacidade de desaugadoiro do río Limia no tramo urbano de Xinzo de Limia (Ourense)
• Actuacións de Restauración Hidrolóxico-Forestal en varios tramos fluviais da Comunidade Autónoma de Galicia
• Proxecto de acondicionamento e ampliación da senda peonil da marxe dereita do río Miño entre o encoro de Velle e Os Peares (Ourense)
• Colector interceptor do río Sar. Tramo: Pontepedriña-EDAR de Silvouta. Saneamento de Santiago de Compostela (A Coruña). (Fondos da Dirección Xeral da Auga)
• Acondicionamento dos colectores xerais e interceptores da marxe dereita do río Miño en Ourense. Tramo: Ponte Nova-Balneario.
• Mellora do saneamento de Ourense. (Fondos da Dirección Xeral da Auga)
• Acondicionamento dos colectores xerais da marxe dereita río Miño en Ourense. Tramo: Vinteún-Ponte Novo. Mellora do saneamento de Ourense. (Fondos da Dirección Xeral da Auga)