A Confederación Hidrográfica do Miño-Sil ten encomendado o control da calidade das augas do seu eido territorial (apartado 24 c. do Real Decreto Lexislativo 1/2001, de 20 de Xullo, polo que se aproba o texto refundido da Lei de Augas). Esta obriga engloba ás augas superficiais e ás subterráneas.
Este Organismo de bacía realiza o control das augas superficiais: ríos, encoros, lagos e brañais da súa bacía, mediante varias redes que responden ás distintas necesidades de control nos diferentes tramos fluviais e á diversa normativa aplicable.
A rede ICA (Rede Integrada de Calidade das Augas) ou o Sistema Automático de Información de Calidade das augas (SAICA) son algúns destes elementos de control.O Sistema Automático de Información Hidrolóxica (SAIH) pola súa parte, permite dispor da mellor información en tempo real sobre as bacías hidrolóxicas.
A Confederación Hidrográfica do Miño-Sil dispón dun laboratorio situado en Ourense no que se realizan os controis analíticos de todas as masas de auga da bacía.