Miño alto
Na bacía alta do Miño-Sil existen diversos tipos de ecosistemas acuáticos, característicos da rexión bioclimática atlántica.. Afluentes tan importantes como Parga, Ladra e Támoga integran un característico complexo húmido, formado por unha extensa rede de canles, lagoas e terreos inundados, aos que se atopan asociados pastos, zonas agrícolas, bosques de ribeira, turbeiras ombotróficas, breixeiras e carballeiras.
Esta grande diversidade de hábitat permite acoller numerosas especies de aves durante o período invernal, o espacio delimitado por estes ríos está declarado como zona de especial protección polos seus valores naturais e integranse na rede Natura 2000.
Entre as formacións arbóreas e arbustivas mais frecuentes encontramonos cos bosques aluviais de ameneiros e freixos (Almus glutinosa e Fraxinus escelsior) as carballeiras galaico portuguesas (Quercus robar e Quercus pyrenaica) e os breixos húmidos atlánticos (Erica cillaris e Erica tetralix).
Entre a fauna, están presentes o toupa de río dos Pirineos (Galemys pyrenaicus) e a londra (Lutra, lutra), numerosas anátidas (Anase recta, Anas playthyrichos, Anas clypeata), así como un pequeno núcleo de sisón menor (Tetrax tetrax).
Como especies piscícolas atopámola presenza de poboacións de troita (Salmo trutta), anguía (Anguilla anguilla), ciprínidos como o cacho (Lenciscus carditerti), a reñosa (Rutilus arcani) e a boga (Choridostonapolylepis duriensis). Dentro dos gasterosteidos, o espiñoso (Gasterosteus acuileatus)
Miño Baixo
O tramo do baixo Miño da lugar a unha ría estreita e ateigada con depósitos de sedimentos, o que a converte nun importante reservorio de marismas e esteiros.
Os problemas de conservación a que se ve sometida esta zona radican na alta presión urbanística, a alta presión cinexética e pesqueira, ademais da contaminación producida polos residuos urbanos.
Durante o inverno alberga gran numero de aves acuáticas como o porrón moñudo (Aythya gulicula), o chorlito dourado (Pluvialis apricaria), chorlito gris (Pluvialis squatarola) e a avefría (Vanellus vanellus).
Ademais das aves cabe sinalar a presencia o toupa de río dos pirineos e a londra, xunto cunha importante poboación de peixes entre os que destaca o salmón -que presenta neste río o linde de distribución máis meridional de toda Europa, a lamprea (Petromyzon marinus) pescada tradicionalmente nestas augas, en cuxa captura empregábanse diques de feitura peculiar, denominadas pesqueiras. Outras especies piscícolas que se atopan neste tramo son sábalo (Alosa alosa), sabela (Alosa fallax), troita, anguía, carpín (Carassius auratus), reños (Micropterus salmoides) e solla (Plactichthy plesus).
Sil
Considerando o límite occidental da cordilleira cantábrica, o alto Sil decorre polo límite sueste do val dos Ancares, a combinación dos pasteiros, ladeiras de monte baixo e masas boscosas de gran tamaño con vertentes abruptas permite o mantemento da mellor zona oseira cantábrica.
A bacía do río Sil, ó longo de mais de 15 Km. decorre polo que se denomina Cañóns do Sil, orixinados pola erosión dos ríos Sil e Cabe, con desniveis que van dende os 300 ós 500 m. A vexetación dominante é de tipo mediterráneo, como corresponde á rexión bioclimática que atravesa, composta fundamentalmente por matogueira, con algúns bosquetes de sobreira (Quercus suber) e esporadicamente de aciñeiras (Quercus ilex e Quercus rotundifolia). Debese destacar a existencia na cara norte de bosques de castiñeiros de certa entidade (Castaneasativa), ademais dos bosques aluviais de ameneiros e freixos e as carballeiras galaico portuguesas.
Entre as especies faunísticas mais relevantes, ademais do oso (Urus arctos) atópanse a pita de monte (Tetras urugallus) o lobo (Canis lupus) , o gato salvaxe (Felis sylvestris), a aguia real (Aquila chrysaetos), o bufo real (Bubo bubo) e, mais asociada ao río, a lontra e a toupa amizclera, o topo amizclero. Destacan entre as aves, ademais da aguia real, a totoria (Lullula arborea) ou a curruca rabilarga (Sylvia undata).
Limia
O río Limia, á altura da Vega de Pontiliñares, decorre en torno a bosquetes de carballo e pasteiros que se encharcan durante o inverno, favorecendo a existencia de hábitats con predominio de ambientes acuáticos e boscosos. Nestas localidades é frecuente atopar plantas flotantes que na primavera-verán florecen, como o ranánculo (Ranánculus fluitans), aves como a cegoña branca (Ciconia ciconia), a bisbita (Anthus campestris), o lagarteiro (Falco tinnunculus), a agachadiza (Gallinago gallinago), o avetorrillo (Ixobtrychus minutus) e a totoria (Zullula arborea) ou a curruca rabilarga (Sylvia undata).
Nos tramos inferiores do Limia ata que entra en territorio portugués, atopamos hábitats tipicamente rochosos, con extensas áreas de matogueira composta por manchas de breixeira húmida atlántica, breixeiras ortomediterráneas endémicas con toxo e breixeiras secas europeas, ademais de carballeiras e bosques de castiñeiros.
Localizado no tramo máis alto do río Limia atopamos ao espinoso (Gasterosteus aculeatus), un animal que pode ser localizado ben nas augas doces ben nas salobres, námbolos dous casos tratase de fauna sedentaria. Descoñécese se existen formas migradoras nestas latitudes como ocorre nestas zonas na súa área de distribución.
Entre as especies piscícolas que poden atoparse na bacía do Limia, no eido desta demarcación está a troita común, ademais de varios ciprínidos introducidos como a carpa (Cyprinus Carpio), o barbo (Barbas bocagei), a cacho e a boga.