Dentro del Programa Operativo de Galicia 2007-2013 la Confederación Hidrográfica del Miño-Sil tiene otorgadas ayudas del FEDER para actuaciones del eje 3 (Medio ambiente, entorno natural recursos hídricos y prevención de riesgos) en las categorías de gasto 46 [Tratamiento del agua (agua residual)] y 51 [Fomento de la protección de la biodiversidad y la naturaleza (incluido el programa Natura 2000)]. Las actuaciones cofinanciadas por este Fondo y que están encomendadas a la Confederación Hidrográfica del Miño-Sil son las siguientes:

• Proyecto del colector de saneamiento en el muelle Fernández Ladreda de la Malata. (Ferrol)
• Emisario Submarino de Cabo Prioriño. Depuración y vertido de Ferrol (A Coruña)
• Mejora del saneamiento y EDAR de San Cibrao das Viñas (Ourense)
• Mejora del saneamiento de Pereiro de Aguiar (Ourense)
• Ampliación de la EDAR de O Barco de Valdeorras (Ourense)
• Mejora de la capacidad de eliminación de nutrientes de la EDAR de Xinzo de Limia (Ouresnse)
• Proyecto de actuaciones prioritarias en el saneamiento de Porriño (Pontevedra)
• Nueva EDAR de Pontebarxas, T.M. de Padrenda (Ourense)
• Adecuación del cauce y ordenación de márgenes de los ríos Sarria y Celeiro en el T.M. de Sarria (1ª Fase)
• Acondicionamiento del cauce y márgenes del río Cabe a su paso por Monforte de Lemos (Lugo). Tramo: A Compañia - Núcleo de Piñeira
• Mejora ambiental de las márgenes del arroyo del polígono industrial de San Cibrao das Viñas (Ourense)
• Acondicionamiento, accesos y uso público de las fervenzas de Tourón, en el río Cerves. TM de Melón
• Restauración ambiental y mejora del drenaje en el río Canedo, T.M. de Ponteareas (Pontevedra)
• Acondicionamiento del cauce y márgenes del río Badella a su paso por Bande (Ourense)
• Mejora de la calidad de las aguas y recuperación ambiental del entorno del embalse de As Conchas. TT.MM. de Bande y Muiños (Ourense)
• Protección de márgenes contra la erosión en el río Louro. T.M. de O Porriño (Pontevedra).
• Acondicionamiento de márgenes en el arroyo Aboal. T.M. de Mondaríz (Pontevedra)
• Ordenación del cauce y márgenes del río Louro a su paso por Mos (Pontevedra)
• Actuaciones de mejora del Dominio Público Hidráulico y la capacidad de desagüe del río Limia en el tramo urbano de Xinzo de Limia (Ourense)
• Actuaciones de Restauración Hidrológico-Forestal en varios tramos fluviales de la Comunidad Autónoma de Galicia
• Proyecto de acondicionamiento y ampliación de la senda peatonal de la margen derecha del río Miño entre el embalse de Velle y Os Peares (Ourense)
• Colector interceptor del río Sar. Tramo: Pontepedriña-EDAR de Silvouta. Saneamiento de Santiago de Compostela (A Coruña). (Fondos de la Dirección General del Agua)
• Acondicionamiento de los colectores generales e interceptores de la margen derecha del río Miño en Ourense. Tramo: Puente Nuevo-Balneario. Mejora del saneamiento de Ourense. (Fondos de la Dirección General del Agua)
• Acondicionamiento de los colectores generales de la margen derecha río Miño en Ourense. Tramo: Vinteún-Puente Nuevo. Mejora del saneamiento de Ourense. (Fondos de la Dirección General del Agua)