La Confederación Hidrográfica del Miño-Sil tiene encomendado el control de la calidad de las aguas en su ámbito territorial (apartado 24.c del Real Decreto Legislativo 1/2001, de 20 de Julio, por el que se aprueba el texto refundido de la Ley de Aguas). Esta obligación engloba a las aguas superficiales y a las subterráneas.
Este Organismo de cuenca realiza el control de las aguas superficiales: ríos, embalses, lagos y humedales, de su cuenca, mediante varias redes que responden a las distintas necesidades de control en los diferentes tramos fluviales y a la diversa normativa aplicable.
La Red ICA (Red Integrada de la Calidad de las Aguas) o el Sistema Automático de Información de Calidad de las Aguas (SAICA) son algunos de estos elementos de control. Así, el Sistema Automático de Información Hidrológica (SAIH) permite disponer de la mejor información en tiempo real sobre las cuencas hidrológicas.
La Confederación Hidrográfica del Miño-Sil dispone de un laboratorio en Ourense para realizar los controles analíticos de calidad de todas las masas de agua de la cuenca.