Las confederaciones hidrográficas están concebidas por la Ley de Aguas, en su artículo 19 y siguientes, como los Organismos responsables, fundamentalmente, de la Administración Hidráulica de las cuencas intercomunitarias.

El artículo 21 de la Ley de Aguas establece como funciones de los Organismos de cuenca:

• La elaboración del Plan Hidrológico de cuenca, así como su seguimiento y revisión.
• La administración y control del Dominio Público Hidráulico.
• La administración y control de los aprovechamientos de interés general o que afecten a más de una Comunidad Autónoma.
• El proyecto, la construcción y explotación de las obras realizadas con cargo a los fondos propios del Organismo y las que les sean encomendadas por el Estado.
• Las que se deriven de los convenios con comunidades autónomas, corporaciones locales y otras entidades públicas o privadas, o de los suscritos con los particulares.

Con la aprobación del Real Decreto 266/2008, y al modificarse la Confederación Hidrográfica del Norte quedando dividida en Confederación Hidrográfica del Miño-Sil y Confederación Hidrográfica del Cantábrico, las funciones de cada una quedan recogidas en su artículo 1 del siguiente modo:

• La Confederación Hidrográfica del Miño-Sil ejercerá las funciones atribuidas a la Confederación Hidrográfica del Norte en el ámbito territorial de la parte española de la Demarcación Hidrográfica del Miño-Sil, a la que se refiere el artículo 3.1 del Real Decreto 125/2007, de 2 de febrero, por el que se fija el ámbito de las demarcaciones hidrográficas.
• La Confederación Hidrográfica del Cantábrico ejercerá las funciones atribuidas a la Confederación Hidrográfica del Norte en el ámbito territorial de su demarcación hidrográfica , a la que se refiere el artículo 3.1 del Real Decreto 125/2007, de 2 de febrero por el que se fija el ámbito de las demarcaciones hidrográficas.