Las principales funciones de la Secretaría General, de acuerdo con el Real Decreto 984/1989, de 28 de julio, por el que se determina la estructura orgánica dependiente de la Presidencia de las confederaciones hidrográficas son las siguientes:
La gestión de los asuntos relativos al funcionamiento del Comité de Autoridades Competentes, la Junta de Gobierno, el Consejo del Agua, la Asamblea de Usuarios y el ejercicio de la Secretaría de los citados órganos.
El Registro General y el régimen interior.
La gestión de la actividad económica y financiera, la contabilidad del Organismo, la habilitación y la pagaduría.
La tramitación de los asuntos de personal.
La tramitación administrativa, relativa a las informaciones públicas, y la tramitación y propuesta de resolución de los recursos y reclamaciones.
La gestión administrativa en materia de contratación, la gestión patrimonial y la tramitación y propuesta de resolución en los expedientes de expropiación.
La supervisión y coordinación de la informática en materia administrativa.
La elaboración de informes jurídicos.
El actual Secretario General de la Confederación Hidrográfica del Miño-Sil es Emilio Domínguez Álvarez.